На протяжении последних 10 лет в традиционной области систематики и эволюционной биологии происходит смена морфологической парадигмы на молекулярную. Значительный корпус практических методов и теоретических концепций традиционной биологии учитывается в минимальной степени, а предпочтение отдается специализированным вычислительным и статистическим методам. В связи с этим в работе предпринята попытка оценить текущее состояние проблемы фундаментальных оснований систематики и эволюции. Подчеркивается, что молекулярная филогенетика не заслуженно рассматривает традиционную систематику как «устаревшую» науку. Классическая систематическая иерархия до сих пор — путеводная нить для молекулярной систематики, а целый ряд «новых» гипотез представляют собой переформулированное наследие эволюционной морфологии. В свою очередь, основная проблема традиционной систематики — почти исключительно типологический подход к анализу разнообразия организмов. Продемонстрировано, что в текущей парадигме изучения эволюции теория преобразования формы организмов как таковая отсутствует, даже, несмотря на значительные успехи эволюционной биологии развития. Показана глубокая недооценка современной филогенетикой взаимосвязи между эволюцией, онтогенезом и систематикой. Вместо обычного для современных подходов рассмотрения их как отдельных разделов биологии автор предлагает синтетическую концепцию онтогенетической систематики, тесно увязывающую эти разделы в рамках единого процесса. Практическая значимость предлагаемого здесь подхода онтогенетической систематики иллюстрируется проблемой происхождения и эволюции Bilateria — крупнейшей группы многоклеточных животных. Предполагается, что ключевым свойством предковых онтогенетических циклов, до сих пор свойственным многим Bilateria, является бесполое размножение (в форме клональности). Это свойство практически полностью упущено в современных теориях происхождения и эволюции билатерально-симметричных животных. Фактически переоткрытие того ключевого значения, которое играло бесполое размножение в онтогенетическом цикле ранних Metazoa, привело к формулированию принципиально новой модели ранней радиации и эволюции Bilateria. Новая модель предполагает формирование основных групп билатерально-симметричных животных, таких как моллюски, членистоногие и хордовые, в ходе индивидуации исходно полуколониальной предковой группы, обладающей развитым клональным размножением. Предложенная модель разрешает одно из крупнейших противоречий в зоологии ХХ века — дилемму родства группы погонофор Protostomia vs Dеutеrоstоmiа, а также предполагает нетривиальное решение проблемы происхождения одного из ключевых типов Bilateria — моллюсков. Значительные прогностические свойства новой модели делают ее открытой для последующего тестирования молекулярными, палеонтологическими и другими группами данных.