Древний город расположен в долине реки Зеравшан, заселенной с эпохи верхнего палеолита. В III-II тыс. до н.э. здесь формировалась индоиранской общности, а на рубеже II-I тыс. до н.э. осели восточно-иранские племена. Выдающимся культурным событием первых столетий I тыс. до н.э. стали проповеди Заратуштры и рождение в регионе священного предания зороастрийцев «Авесты». По легенде Самарканд основал второй царь династии Кавианидов Кавус. При сыне Кавуса Сиявуше город разросся, а при его внуке Кей-Хосрове в Самарканде соорудили первый алтарь огня. Согласно эпическим сказаниям, Сиявуш был убит предводителем саков Афрасиабом, именем которого назван древний самаркандский холм.