Между людьми и Альянсом, в который вошло большинство рас, началась глобальная война. Люди вынуждены отступать — для победы необходимы новые технологии. Отряд «флибустьеров» отправляется на встречу с охотником за артефактами в Аномальных Зонах, но из-за предательства союзников люди попадают в другой мир (Ветвь Феникса), который населяют потомки с пропавшего во время Исхода корабля «Феникс». Вместо того чтобы помочь им вернуться домой их хотят ликвидировать как возможную угрозу. В результате борьбы за выживание оставшиеся в живых «флибустьеры», ставшие натуральными пиратами, все-таки возвращаются домой на захваченном боевом корабле, который вобрал в себя артефакты древнего народа и новейшие технологические разработки людей из Ветви Феникса.