Черепашки наконец нашли своего пропавшего брата Рафаэля, а учитель Сплинтер рассказал им удивительную историю их совместного прошлого. В это же время кот-мутант по кличке Старый Бес и ученый Бакстер Стокманн намереваются найти черепах и использовать их в своих гнусных целях.