Датой основания Еврейского музея считается 20 января 1904 года, когда судья Майер Зульцбергер передал в дар Еврейской теологической семинарии коллекцию из 26 предметов искусства, принадлежавших к еврейской культурной традиции. В 1931 году собрание было переведено на Бродвей, в здание на 122-й улице, где был в отдельном помещении создан «Музей еврейских церемониальных предметов». Благодаря финансированию меценатов еврейского происхождения первоначальная коллекция была значительно расширена. В январе 1944 года Фрида Варбург, вдова скончавшегося в 1937 году известного филантропа Феликса Варбурга, передаёт их семейный дом для постоянной экспозиции Еврейского музея, впервые принявшего посетителей в мае 1947 года. Здание музея было построено по проекту архитектора К. Гильберта в 1908 году. Фасад его содержит элементы французской готики. В 1963 к нему была сделана пристройка в модернистском стиле; в 1989 она была снесена и заменена на другую, созданную по проекту Кевина Роча, более соответствующую стилю основного здания. Её открытие в 1993 году позволило вдвое увеличить выставочные площади музея.